Genelde virüs olayında tüm siteyi neden siliyorsunuz, aslında site demek veritabanı demek yani iframe vb. virüsler sadece dosya yapısına bulaşırlar buradan da silmek kolaydır aslında. Mesela güncel joomla kurulum paketini ftp den üzerine atarsanız joomladaki virüsler de gider ancak sonradan yüklenen eklentiler ve tema haliyle güncellenmez bunları da aynı şekilde güncellerseniz sorun kalkar.
O zaman link kaybı da olmaz ki google'ın en sevmediği olaylar da budur ki hit ve pagerankinize olumsuz etkisi olur.