sorun tam olarak şu,
jQuery pluginleri yazılırken developer'lar diğer scriptlerle birlikte kullanılacağını ve sorun olacağını düşünmediklerinden $() şeklinde yazıyorlar plugin leri. bu pluginleri açıp $ ni jQuery ile değiştirmek birinci olarak yapılması gerekendir.

artı olarak kodlarınızdaki

$('div').fadeIn(800);
burdaki $ işaretinide jQuery olarak değiştirmeniz gerekmektedir. tabi o kısım prototype ile çalışmıyor ise.
jQuery('div').fadeIn(800);