dediğim gibi olur yani tek kütüphane üstünde yoğunlaş ya bütün şeyleri prototype ile yap yada jquery ile. sonucta prototype ila yaptıgın herşeyi jquery ilede yapabilirsin. sitede ne için prototype veya ne için jquery kullanıyorsun ?
Onları yazarsan alternatifler bulabiliriz.