sanmıyorum cPanel yeni güncellenmesinde birkaç ufak sorun vardı ama mysql ile ilgili bir sorun yoktu
şöyle deneyiniz: cPanel sürümünü eski sürüme yani hata almadığınız sürümüne düşürün.
ya zaten whm'de sorun var demiyorum ama işte benim script sorun verdi ayrıca nasıl eski sürüme düşürebilirim whm'yi bilgiye sahipseniz yardımcı olurmusunuz.