Yapabileceğin birkaç yol var, aklıma gelen şu öncelikle;
checkbox'lara Get ile aktif=1 , aktif=0 şeklinde değerler tanımlarsın. Sonra checkbox 1 seçildiğinde aktif=1 olur , aktif=1 'in karşılığı js dosyasının olduğu sayfayı çalıştırır , diğeri de js dosyasının olmadığı yeri çağırır.
Tabii bunu yapabilmen için az da olsa PHP bilmen lazım.
$_GET Kullanımı diye aratırsan basittir.