cron job çalıştırarak halledebilir.

Dosya her çalıştığında 1000 kayıt ekletmek istiyorsun diyelim. Dosya çalışıp 1000 kayıt girdikten sonra bunu bir txt dosyasına yazarsın. Ve her defasında kaldığı sayıyı txt dosyasından okuyup sorguna limit olarak eklersin.

ÖRNEK :
Dosya 1. kez çalıştırılıyor.
-------------------------
sayi.txt = 0
limit 0,1000

Dosya 2. kez çalıştırılıyor.
-------------------------
sayi.txt = 1000
limit 1000,1000

Dosya 3. kez çalıştırılıyor.
-------------------------
sayi.txt = 2000
limit 2000,1000

.
.
.

Cronjob ile bu dosyayı belli bir sürede çalıştırırsın.