<?php wp_list_categories('exclude=1,2,3'); ?>

1,2,3 yazan kısımlar görünmesini istediğin kategorilerin ID'sidir. 1,2,3,4,5,6... şeklinde numaralandırıp göstereceksin

diğer ana kategori kodunu da bu şekilde düzenlemen gerekecek yoksa hepsi orda da sıralanır.