database değilde scriptinizin incelenmesi gerekli bence, hangi sorguların ne kadar işlemci harcadığını bulup ona göre işlem yapılması gerekir. Sitenizin sunucusuna root erişiminiz varmı, mysql proseslerini görebiliyormusunuz?
ben reseller kullancısıyım fakat server sahıbıde bu forumda üye gerekli bilgileri ondanda alabiliriz