IN kullanarak şu şekilde yapabilirsin örnek;

<?php
function tirnak($gelen) {
    return "'" . $gelen . "'";
}

if ($_GET['yolla'])
{
    // IN içine gönderilecek, $_GET['sec'] değişkeninden gelen verileri array_map'e tirnak fonksiyonunu atayarak tırnak içine aldırıyoruz.
    $in = implode(',', array_map('tirnak', $_GET['sec']));
    $sqql = mysql_query("delete from tabloadi where id IN({$in})");
}
?>
<form action="" method="get">
    <input type="checkbox" name="sec[]" value="ali" /><br>
    <input type="checkbox" name="sec[]" value="veli" /><br>
    <input type="checkbox" name="sec[]" value="49" /><br>
    <input type="checkbox" name="sec[]" value="50" /><br>
    <input type="submit" name="yolla">
</form>