Öncelikle ilginiz için çok teşekkür ederim.
Mencoder 20071007 sürümü (son sürümü). Ffmpeg ile daha hızlı çevriliyor diye biliyordum. Mencoder ile nasıl çeviriyoruz.
Script :

<?php

#$extension = "ffmpeg";
#$extension_soname = $extension . "." . PHP_SHLIB_SUFFIX;
#$extension_fullname = PHP_EXTENSION_DIR . "/" . $extension_soname;

// load extension
#if (!extension_loaded($extension)) {
# dl($extension_soname) or die("yüklenemedi
#$extension_fullname\n");
#}






$ilkdosya = "Funda_Arar_Kirik_Dusler.mp4";
$yenidosya = "y/kirik_dusler.flv";
$ffmpegPath = "/usr/bin/ffmpeg";
$flvtool2Path = "/usr/bin/flvtool2";

#çevireceğimiz dosyanın süre bilgisi

$video = new ffmpeg_movie("$ilkdosya",false);
$sure = $video->getDuration();
echo "$sure <br>";
$sure=ceil($sure);
echo "$sure <br>";

$sure=date("H:i:s",-93600 + $sure);
echo "$sure";





$ffmpegObj = new ffmpeg_movie($ilkdosya);

$Genislik = makeMultipleTwo($ffmpegObj->getFrameWidth());
$Yukseklik = makeMultipleTwo($ffmpegObj->getFrameHeight());
$srcFPS = $ffmpegObj->getFrameRate();
$srcAB = intval($ffmpegObj->getAudioBitRate()/1000);
$srcAR = $ffmpegObj->getAudioSampleRate();
// Call our convert using exec()


exec($ffmpegPath . " -i " . $ilkdosya . " -ar " . $srcAR . " -ab " . $srcAB . " -f flv -s " . $Genislik . "x" . $Yukseklik . " " . $yenidosya . " | " . $flvtool2Path . " -U -duration:$sure " . $yenidosya);


function makeMultipleTwo ($value)
{
$sType = gettype($value/2);
if($sType == "integer")
{
return $value;
} else {
return ($value-1);
}
}


?>