Pek anlamadım ama şöyle birşey istiyorsun sanırım.

Siteler aynı host içindeyse ve klasörler arasında şifreleme yoksa.Yani bir sitenin klasöründen bir üst klasöre çıkmak engellenmemişse include ile yapılabilir.

Değişiklik yapacağınız alt.php haricindeki diğer alt.php dosyalarının içeriğini şöyle değiştirirseniz çalışması lazım.

include('../Site klasörü/alt.php');

../ Bu bir dizin üstü ifade eder eğer alt.php ana dizinin içindeki klasör içinde değilde o klasör içindeki bir klasör içindeyse o zaman;

../../alt.php şeklinde yapmanız lazım.