21 GB gibi bir log dosyasının bulunması demek, hiç ayarlanmamış bir sistem demek (ki bence yanlış bakmış olabilirsin 2.1 dir o). Canı sıkılan 3-5 kişi, olmayan bir sayfaya saniyede on kez istek gönderirse gün sonunda senin sırf bununla alakalı logun 2GB olur. Kaldı ki, logrotate denen bir şey var, en azından günlük logları sıkıştırıp yenilemesi lazım, yani 21 GB a ulaşmaması gerekiyor o dosyanın.
Olaydan çok muzdaripsen farklı loglevel leri deneyebilirsin, mesela 21 GB lık şeyi "loglevel crit" yapabilirsin.
LogLevel yaklaşımınız çok doğru fakat Cpanel customlog mantığı ile çalıştığı için, logleveli her bir vhost için(ya da global include dosyası oluşturarak) include etmesi gerekecek.