dediginiz şekilde calismasi için dosya yorumlayicisini perl script mantigi ile #!/usr/bin/php gibi tanimlamaniz gerekiyor. birde bu şekilde calistirmaniz için hem php nin cgi olarakta kurulu olmasi gerekir hemde domain bilgilerine erişemez hale gelirsiniz. tamamiyle tercih sebebi. Şahsen kendi kullanmadigim şekli önerdim. Aynı şekilde directadmin de ilgili cronu kullaniyorum
Ben uzun zamandır Direct admin panelde cronjob'u kullanıyorum dediğim şekilde yapıyorum ve hiç sorun yaşamadım.. Emir kısmına dosya yolunu yazmanız yeterli oluyor..