Mantık olarak düşününce hangisinin daha avantajlı olduğunu görebilirsiniz.
Misa bi site yazıcaksınız mysql yapısı functionlar gerekirse classlar yazıcaksını hepsi için include vs yapısı hazırlamak sonrada tasarıma entegre ediceksiniz.
Birde framwork olarak yapılan sistem var misal codeigniter her yapısı hazır onun izinde giderek istediğiniz yapısı basit bir şekilde yazabilirsiniz spagetti kodlarla uğraşmanıza gerek kalmaz.
mantık olarak basit bir sitede ci kullanmak salaklık olur "mantık olarak düşününce".
Karmaşık sistemler ile baş edecekseniz bir fw kullanmak sizi zamandan kurtarır. Ayrıca model view controller mimari ile geliştirimi daha kolay olur. Güncelleme de sıkıntı çekmezsiniz.
Ama bu demek değildir ki CI ile yapamam yaparsın ama basit içerikli sayfalar için fw ekstra yük demektir.
Bir sürü class yüklencek autoload edilcek vs derken sitenize bir bakmışsınız ki puff olmuş