evet alt klasörlerde dahil. kusura bakma yoğundum az önce 5 dk ayırarak programı yazdım. aşağıdan indirip kullanabilirsin. Rardaki temizle klasörünü localhostuna at http://localhost/temizle şeklinde çalıştır, ekrandaki textboxa temizletmek istediğin, php dosyalarının oldugu klasörünü gir ve bu php dosyalarının bulunduğu klasörü temizle klasörünün içine at, sonra temizle butonuna bas, sırayla tüm php ve inc dosyalarının commentlerini temizleyecektir.

Not: Scriptin çalışması için localhost veya windows host olması şarttır.

Program: http://ul.to/7tw8yf