yanlış anlamadıysam aynı sayfanın içinden <img src="..."> şeklinde dinamik resim çekmek istiyorsun.

kodlarının en üstüne;

if ($_REQUEST['resim'] == '1')
{
    header("Content-type: image/jpeg");

    $on = imagecreatefromjpeg("2.jpg");
    $on_genislik = imagesx($on);
    $on_yukseklik = imagesy($on);

    $arka = imagecreatefromjpeg("$swf13");
    $arka_genislik = imagesx($arka);
    $arka_yukseklik = imagesy($arka);

    $koordinat_x = $arka_genislik - $on_genislik;
    $koordinat_y = $arka_yukseklik - $on_yukseklik;
    $seffaflik = 100;
    $kalite = 85;
    $resim_ismi = "$swf11";

    imagecopymerge($arka, $on, $koordinat_x, $koordinat_y, 0, 0, $on_genislik, $on_yukseklik, $seffaflik);
    imagejpeg($arka, $resim_ismi, $kalite);

    $son_hali = imagecreatefromjpeg($resim_ismi);
    imagejpeg($son_hali);

    imagedestroy($on);
    imagedestroy($arka);
    imagedestroy($son_hali);
    exit;
}

şeklinde ekleyerek, aynı sayfa içinde <img src="?resim=1" /> şeklinde resim çekebilirsin.