araştırmışsındır ama benimde bilgilerim dahilinde:

lisans.txt oluştur mesela kendi sitene ftp ne yolla ..
müşterinin ftp sine lisans.php oluştur .. ve bu lisans.php yi her sayfada include edilen bir php dosyasına include et. örneğin : config.php veya türevi php dosyalarına ..

lisans.php nin kodsal görevi senin sitene bağlanıp lisans.txt de kendi sitesinin ismi var mı diye bakacak ..

eğer varsa erişim sağlayacak yoksa erişim sağlamayacak ve bu php dosyalarını ioncube ile şifrele ..

bu arada lisans.php dosyasını silerse kontrolü sağlayan fonksiyonda silinmiş olacağı için site çalışacaktır oyüzden lisans.phpye farklı bir isim ver .. böyle basit bir mantık var aklımda çoğu müşteri için işe yarıyacaktır .

şuan aklıma bukadarı geldi daha uzmanca çözümler düşünülürse elbette bulunur ..