Bildiğim kadarıyla siteyi başka bir dizine taşırsanız tüm indexleriniz çöp olur ve siteyi yeniden kurmuşsunuz gibi baştan indexlenir. Buda çok uzun bir zaman alır. Ama tabii pr'niz yüksekse bu daha kısa zamanda olur.

Eğer 1.000.000 indexiniz varsa dizin değiştirmemenizi öneriyorum. Ana dizinden yönlendirme yaparsanız daha iyi olacaktır.