birden fazla str replace kullanmak için bir çok yöntem var;
yöntem 1;

$veri = "hede,?%-";
$bul = array(',', '?', '%', '-');
$yap = '';
echo str_replace($bul, $yap, $veri);
// Çıktı: hede

yöntem 2;

echo str_replace(array(',', '?', '%', '-'), '', $veri);
// Çıktı: hede

yöntem 3;

$veri = "hede,?%-";
$veri = str_replace(',', $yap, $veri);
$veri = str_replace('?', $yap, $veri);
$veri = str_replace('%', $yap, $veri);
$veri = str_replace('-', $yap, $veri);
echo $veri;
 // Çıktı: hede

yöntem 4;

$veri = "hede,?%-";
$bul = explode(' ', '? , % -');
$yap = '';
echo str_replace($bul, $yap, $veri);
// Çıktı: hede

yöntem 5;

$veri = "hede şçğ";
$islem = array(
    'ç' => 'c',
    'ğ' => 'g',
    'ı' => 'i',
    'ü' => 'u',
    'ö' => 'o',
    'ş' => 's'
);
echo str_replace(array_keys($islem), $islem, $veri);
// Çıktı: hede scg

veya

$veri = "hede şçğ";
$islem = array(
    'ç' => 'c',
    'ğ' => 'g',
    'ı' => 'i',
    'ü' => 'u',
    'ö' => 'o',
    'ş' => 's'
);
echo str_replace(array_keys($islem), array_values($islem), $veri);
// Çıktı: hede scg