aşağıdaki gibi sql içinde WHERE den sonra LENGTH(word_text) > 2 şeklinde bir koşul eklemesi yaparak istediğiniz sonucu elde edersiniz

$sqlarama = mysql_query('SELECT word_text FROM 4images_wordlist WHERE LENGTH(word_text) > 2 ORDER by word_text ASC limit 0,10000');
while ($arama = mysql_fetch_array($sqlarama))

{
    $aramaid = $arama['word_text'];
    $aramaid = stripslashes(substr($arama["word_text"],1,10));