Şuan tahmini böyledir;
<?php
//Önceki kodlar
echo '<a href="referans.php?ref_id='.$id.'&link='.trfonksiyon($isim).'">'.$isim.'</a>';
//Sonraki kodlar
?>
Bu şekilde düzelteceksin;
<?php
//Önceki kodlar
echo '<a href="/referanlar/'.$id.'-'.trfonksiyon($isim).'.html">'.$isim.'</a>';
//Sonraki kodlar
?>