fazladan tip isminde bir değer daha eklersiniz ona bakarak seçersiniz. Fikir vermesi babinda;

 SELECT sid, title,tip=1 FROM ".$prefix."_stories WHERE title LIKE '%$aranacak%' union all SELECT id, isim,tip=2 FROM ".$prefix."_isimler WHERE isim LIKE '%$aranacak%'

böylelikle döngü ile dönerken tip ten hangi alandan sonucun geldigini anlar ona göre linkleri oluşturursunuz