php'den anlamam ama sana mantığını söyliyeyim..
döngüye "x" diye bir değişken ekle ve her döndüğünde +1 olsun..
Not : php kod yazımında hata olabilir ben asp'ciyim tahmini olarak yazdım (:

<table border="1" width="100%">
<? if (x mod 2 = 0) {  ?>
    <tr>
        <td bgcolor="açık renk"><?=$baslik?></td>
    </tr>
<? } else { ?>
    <tr>
        <td bgcolor="koyu renk"><?=$baslik?></td>
    </tr>
<? } ?>
</table>