Daha önce benim başıma gelmişti hangi ftp server kullandıgımı hatırlamıyorum ama daha sonra MS. FTP server ile değiştirdiğimizde sorun çözülmüştü. Bu sorunun kaynağı Ftp serverin httpdocs'a gerekli izinleri vermemesidir.

Geçici bir çözüm olarak ;
Uzak Masa Üstü ile Manuel olarak domaininizin dizinine gidip httpdocs a sağ clik yapıp özellikler > güvenlik sekmesinden bütün izinleri verin dizin listeleme vs.. sonra tekrar bağlanın bütün dosyaları göreceksiniz. tabi bu geçici bir çözüm FTP Serverinizi değiştirmeniz kesin çözüm olabilir.
Açıklayıcı olması açısından bir resim koydum sizin için..