Ben kohana kullanıyorum, ama proje büyüklüğüne göre CakePHP tercih edilebilir. Nedense küçük-orta projeler için CI, büyük projeler için ise zend öneriliyor, ama okuduğum kadarı ile zend hepsinden daha zor.

Kohana kullanacaksanız 3.0 sürümü yeni çıktı (CI den miras yok, tamamen kendi boot sistemi var) ve doküman ile modül, kütüphane eksiği çok, 2.3.4 sürümü kullanılabilir durumda.