Yapman gereken dosya include ederken tam yolu yazmak.

index.php içeriğin

<?php
define('kutuphane','/home/benimsitem/kutuphane/');
require_once(kutuphane.'header.php');
require_once(kutuphane.'footer.php');
?>

Aynı şekilde galleri içinde yapabilirsin önemli olan tam yolu yazmak.
index.php dosyası /home/benimsitem/public_html/ içindede olsa /home/benimsitem/public_html/galeri/ içindede olsa her zaman footer.php ve header.php dosyaların sorunsuz şekilde eklenecektir çünkü tam yolu yazıyoruz.