Yeni bir dosya oluşturup içine "<? phpinfo(); ?>" (tırnaklar hariç) yazıp çalıştırın, safe mod karşısında on yada off yazar.
ini_set fonksiyonuyla olmuyorsa;
hostunuz kendi ini dosyanızı oluşturmaya izin veriyor olabilir, php.ini yada (sürüme göre) php5.ini dosyası oluşturup hostunuza atın, içinde de max_execution_time [değer] yazın, başka zamanla ilgili değerler de var, biraz araştırıp bulabilirsiniz.
Olmuyorsa .htaccess i deneyin.
O da olmuyorsa, 3000 tane maili birden göndermek yerine 100er 100er yada daha az göndermeyi deneyin, ajax kullanabilirsiniz. Ajax bilmiyorsanız en basitinden frame kullanabilirsiniz.