Evet pc'ye format atma şansınız varsa atın eğer yoksa birkaç virüs ve trojan programı ile güzelce tarayın. İş sizin bilgisayarınızda başlıyor, ordan bulaşıyor siteye.
Siteniz WordPress, öncelikle normal WP sürüm yükseltmek gibi tüm dosyaları silin en sağlamı bu. wp-conten klasörü ve wp-config.php kalsın. Sonra wp-content/themes içinde bulunan tüm temaların index.php'lerine bakın eğer iframe virüsü var ise silin. Sonra yeniden WordPress indirip dosyaları FTP'nize atın.
Bu işlemler bitince FTP'den çıkın ve FTP şifrenizi değiştirin ve Pc'nizi temizleyin. Eğer imkanınız varsa format atmak en sağlam çözüm. Format atamıyorsanız da anti-virüs programları ile pc'nizi temizleyin.

Edit ; Cute FTP kullanmayın, Filezilla tavsiyemdir.