genelde bunun için tüm dosyalari update etme yoluna gidiliyor. Sitelerin tasarimi farklı olduğu için bu durumda updatelerde tasarim etkilenmeyecek şekilde hiyerarşiyi kurmalisiniz. Yani tasarimlarla kodlar bir yerde bir birinden ayri olmasi gerekiyor. Zaten bu şekilde ayirirsaniz bu yapi MVC olarak isimlendiriliyor.

install ve update işlemi için kur.php yada install.php nasil yapilir şeklinde 2 saatlik ücretli video eğitim hazirlamistim. ilginizi çekebilir;

Kur.php, Install.php, Php ile Kurulum Sihirbazı Nasıl Yapılır - ProgramlamaTV - Türkiyenin Video Eğitim Merkezi

adresinden demosunu izleyebilirsiniz