Şahsen All in one Seo eklentisini hiç kullanmadım ve (benim gözümde) gereksiz bir eklenti. Dediğin gibi 2 tane keyword & description oluyor kaynakta bu sorun olabilir. WordPress tema ayarlarından zaten istediğim title / keyword ayarlayabildiğim için gereksiz görüyorum All in one Seo eklentisini.

Wp tema editöründen header.php 'ye girip <meta name="description" <meta name="keywords" bu kısımları silin ikişer tane olmayacaktır o zaman. Sadece All in one Seo eklentisi ile ayarladıklarınız kalacaktır.