Maalesef Osman bey htaccess bulunduğu dizin ve altındaki tüm dizinleri etkilediği için bu istediğinizi htaccess ile yapmanız mümkün değil.

/birinci/ klasörüne koyacağınız htaccess /birinci/ikinci/ klasöründe php dosyalarını engellediği gibi /birinci/ klasöründe de php dosyalarına erişimi engelleyecektir.

/birinci/ikinci/ klasörüne aşağıdaki gibi şifre koysanız işinizi görmez mi? dışardan erişilemez ama /birinci/ klasöründeki bir php dosyasına include edilip kullanılabilir dosyalar.

Ne yapmaya çalıştığınızı söylerseniz belki farklı bir yöntem teklifi sunabiliriz.