.htaccess ile ilgili olabilir ya da kurarken sizden dizin istemiştir siz farketmeden haber yazmış olabilirsiniz.godaddy'de bir pakette birden çok domain kullanıyorsanız ve bu sorun birinci olmayan domaininizde çıkıyorsa ftp kullanıcısı ayarlarını kotrol edebilirsiniz. Bunlar haricinde aklıma bir şey gelmedi ben Godaddy'de böyle bir sorun yaşamadım.