Uzun uğraşlar sonucu iframe virüsünden kurtulabildim. FTP şifrelerini bilgisayara kaydetmeyin kontrol panelinden sadece o oturumluk rastgele şifre oluşturup bağlanın ve sitenin dosya işlemlerini bitirin.

Ben sunucuyu değiştirmek zorunda kaldım çünkü sunucuya da virüs bulaşmıştı. Format atmak veya değiştirmek en sağlıklı çözüm.