Merhaba,
Bir sürü index dosyası var, hepsini 444 yapmak sorunu çözmez.
Bilgisayarınıza format atıp, güncel bir virüs programı ile de tarama yaptıktan sonra temiz dosyaları ftp'ye gönderdiğinizde virüs bir daha giremez. (Benim de başıma gelmişti ve bunları yapıp kurtulmuştum.)