site de sanırsam farklı temizleme yolları da mevcut, bir arayın derim.
ayrıca ftp programı kullanmadan işlem yapmak için kullandığınız panel(cpanel,plesk vs) editörleri oluyorlar. onlarla düzenleme yaparakta değişikliği kayıt edebilirsiniz. ama dediğim gibi ftp programı kullanıp ardından hemen şifreyi silerseniz bir problem olmaz, ben artık öyle kullanıyorum.
Farklı temizleme yolları olarak tüm dosyaları indirip, toplu bul değiştir programı yardımı ile kodları bulup temizlemek var. Fakat ssh erişimim mevcut, olağan birşey ise sshden tüm siteler için komple işlem yapmak mümkünmü bunu merak ediyordum, diğer bahsettiğiniz el ile olan yöntem benim için çok uzun zaman alacak, zaten siteler 75 gb civarlarında ve ayrıca iç içe olan index.html ve index.php dosyaları oldukça fazla.