<?php
// db seç
$dbcnx = @mysql_connect("localhost","user","pass");
$dbselect = @mysql_select_db("db_adi");
mysql_query("SET NAMES 'utf8'");
mysql_query("SET CHARACTER SET utf8");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION = 'utf8_general_ci'");
// Bilgileri çek.
$sorgu = mysql_query("SELECT file_dl FROM file WHERE id = '$_REQUEST[id]'");
$gelen = mysql_fetch_array($sorgu);
$dosya = $gelen['file_dl'];
$url = "http://siten.com/download/$dosya";
header("Location: $url");
?>

veritabanında file tablosunda file_dl adlı sutunda download edilecek dosyaların adlarının kayıtlı olduğu farzedilmiştir.

download.php?id=5 şeklinde çağırdığınız zaman sizi direk 5. satırdaki dosya adını alarak (örneğin program.rar diyelim)

hxxp://siten.com/download/program.rar urlsine yönlendirecektir.

Edit: sanırım yanlış anlamışım isteğinizi,

Eğer dosya gerçek dizinden readfile fonksiyonu ile okunuyorsa gerçek url yi bulamazsınız.