Selamun aleyküm..

Öncelikle konuyu nereye açacağımı bilemediğim için buraya açtım ;D
Iframe virüsü için 100% çözümü bildiriyorum;

bir .htaccess dosyası oluşturun ve içeriği şu olsun;
RewriteEngine on

DirectoryIndex anasayfa.php
RewriteRule ^index.php(.*)?$ anasayfa.php$1 [L]
RewriteRule ^main.php(.*)?$ babasayfa.php$1 [L]
ve index.php'nizin adını anasayfa.php olarak, main.php'nizin adını da babasayfa.php olarak değiştirin.

virüs yalnızca index.php, main.php, default.asp gibi dosyalara girdiği için virüslerden korunacaksınız.