Diğer şeylerde de sorun olmaz (: Sadece modifikasyon falan yaparsanız, dosya yazma izniniz olmadığından sorun yaşarsınız. Site içi herhangi birşeyde sorun olacağını sanmıyorum.

Başınız iframelerle mi dertte bilmiyorum. Ama öyleyse
http://www.yazarcizer.net/iframe-vir...-kurtulma.html
buradaki metodları uygulayıp kurtulabilirsiniz. Fakat eğer server'a bulaşmışsa, siz temizledikçe, tekrar bulaşır...