@nihattr
Doğru anlamışsın Get ile js den alıyorum ve update ediyorum. Verdiğin kod ile denedim olmadı.

$aranan = array("%u0131","%u011F","%u011E","%u00FC","%u00DC","%u015F","%u015E","%u00F6","%u00D6","%u00E7","%u00C7");
$yeniDegerler = array("ı","ğ","Ğ","ü","Ü","ş","Ş","ö","Ö","ç","Ç");
$metin = str_replace($aranan,$yeniDegerler,$metin);

bu şekilde yapıyorum "ı","ğ" karakterlerini düzeltiyor ancak "ü","ç" karakterini düzeltmiyor. ü,ç yi gördüğü anda okumayı kesiyor.