bazı karakterleri değiştirken değer vermediğinden olabilir. ( "?" -> "" gibi olduğu için )
Eğer yanılmıyorsam SEF Linkler (SEO) için kullancaksınız. Eğer öyle ise şu fonksiyonu öneririm. Basit ama güzel. Kendinizde geliştirebilirsiniz.

     function sef($yazi)
        {
            $trharf=array("İ","Ş"," ","Ü","Ç","Ğ","Ö","ı","ş","ü","ç","ğ","ö");
            $trharfdegis=array("I","S","-","U","C","G","O","i","s","u","c","g","o");
            $yazi=str_replace($trharf,$trharfdegis,$yazi);
            $yazi=preg_replace("@[^A-Za-z0-9\-_]+@i","",$yazi);
            $yazi=strtolower($yazi);
            return $yazi;
        }

Kullanım

echo sef("yazınızı buraya yazabilirsiniz");