Aynı sorun bendede vardı, hosting sağlayıcıma ticket açtım hallolduktan sonra şu cevabı aldım ;
Web Server mod'u ile alakalı SUPHP'den DSO'a geçirdim.
Umarım yardımcı olur.

edit : görüyorumki aynı hosting sağlayıcısı ile çalışıyoruz, ticket açmanızı öneririm.