Şu anki sorunu tam anlayamadım. .js den giden Türkçe karakterlerden mi bahsediyorsun? Neyse bir de şunu denersin. Sanırım $_GET yöntemiyle verileri .js den .php ye yolluyorsun. Öyleyse;

	function javakaraktertr($karakter){ 
    $ara = array ('%C7', '%E7', '%DC', '%FC', '%D6', '%F6', '%DE', '%FE', '%FD', '%DD', '%F0'); 
    $degis = array ('Ç', 'ç', 'Ü', 'ü', 'Ö', 'ö', 'Ş' ,'ş', 'ı', 'İ', 'ğ'); 
    $girdi = str_replace($ara, $degis, $karakter); 
	$karakter = iconv("UTF-8", "ISO-8859-9", $karakter);
    return $karakter; 
    }
$metin = javakaraktertr($metin);

şeklinde php sayfasında kullanabilirsin. Bu da olmazsa sen bir yanlış yapıyorsun bence.