Aşağıda dediklerimi uygula başka türlü imkansız yapamazsın bu işi benim kadar araştıran bir kişi daha yoktur inan (tabi kod bilgin vardır yaparsın o ayrı)
1. Öncelikle wp-includes/canonical.php dosyasını bir metin editörü yardımıyla açıyoruz.
2. Daha sonra 53.satıra gidiyoruz. Satır ilerlemesi yapamıyorsanız. Şu satır bloğunu arayın:

// Some PHP setups turn requests for / into /index.php in REQUEST_URI 
    // See: http://trac.wordpress.org/ticket/5017 
    // See: http://trac.wordpress.org/ticket/7173 
    // Disabled, for now: 
    // $original['path'] = preg_replace('|/index\.php$|', '/', $original['path']);

3. Bu satır bloğunda en alt satırdaki not işaretini kaldırın... Yani şu hale gelecek o bölüm:

// Some PHP setups turn requests for / into /index.php in REQUEST_URI 
    // See: http://trac.wordpress.org/ticket/5017 
    // See: http://trac.wordpress.org/ticket/7173 
    // Disabled, for now: 
    $original['path'] = preg_replace('|/index\.php$|', '/', $original['path']);

4. Şimdi de yine aynı dosya içerisinde 207.satıra gidin yada şu kodu aratın:

// trailing /index.php 
$redirect['path'] = preg_replace('|/index.php/*?$|', '/', $redirect['path']);

5. Bu kodu da aşağıdaki şekilde değiştirin:

// trailing /index.php 
$redirect['path'] = preg_replace('|/index.php/$|', '/', $redirect['path']);

ARAMA ÇUBUGU İÇİN GEREKLİ İŞLEMLER BUNU YAPMAZSANIZ SİTE İÇİ ARAMA YAPAMAZSINIZ.
Örnek arama formunuz normalde şu şekilde olur:

<form method="get" id="searchform" action="<?php bloginfo('url'); ?>/">
<div>
<input type="text" value="<?php the_search_query(); ?>" name="s" id="s" />
<input type="submit" id="searchsubmit" value="Search" />
</div>
</form>

Siz bunu şu şekilde değiştirirseniz:

<form method="get" id="searchform" action="<?php bloginfo('url'); ?>/index.php">
<div>
<input type="text" value="<?php the_search_query(); ?>" name="s" id="s" />
<input type="submit" id="searchsubmit" value="Search" />
</div>
</form>

http://www.sizinsiteniz.com/wp-admin...ns-general.php burada Blog adresi (URL) sonuna index.php yazın işlem tamamdır.