bunu 2 yolla yapabilirsin. 1. senin dediğin gibi php ile mssql'e bağlanır tablolar arası update yaparsın.
2.yol MsSql de stored procedure ile trigger tanımlarsan, yapılan her işlemi senin veritabanına aktarabilirsin. Ancak her ikiside gerçekten karışık olacaktır.

kolay gelsin