Herhangi bir ayar yapılması gerekmiyor.
Yanlız, php dosyası ile video dosyalarının aynı yerde olması gerekiyor.

http://siteadresi.com/flv.php?file=deneme.flv&start=12

Bu satırı bir dene.
Php dosyasının yerine göre düzenlemeyi yaparsın.
İstersen "deneme.flv" yerinede varolan bir flv dosyasının adresini yaz.
Bakalım ne hatası verecek.

Edit:
Eğer hata yoksa direk dosya indirme işlemi başlar.