bunun birçok yolu var
sitede bir upload alanı vardır güvenli değildir her dosyayı sorgulamadan alır
sunucunuzda remote file açığı olabilir
php derlemeleri yapılmamıştır (özellikle safe mode ve bazı fonksiyonların kapatılması)

sunucunuzu tamamen kontrol ettirmeniz gerekir