MyISAM motoru db boyutu 1 - 2 GB yi (makineye göre değişebilir) geçince peformansı düşüyor hatta insertlerde InnoDB motorundan dahada yavaş olabiliyor, bunun yanında MyISAM motorunda işlem loglama sistemi olmadıgından yanlış bir işlem yaptığınızda geri alma imkanınız yoktur.

InnoDB motoru ör: bir tabloyu yanlışlıkla sildiğinizde geri alma imkanını sunuyor.

Tavsiyem büyük boyutlu dbler için InnoDB, küçük boyutlu ve yoğun sql sorgusu kullanılan sistemler için ise performans bakımından MyISAM motorunu kullanmanızdır.

Ayrıca InnoDB motoru fulltext search özelliğini desteklememektedir ve insert, replace vs. işlemlerinde MyISAM motorundan çok fazla yavaştır.