Mysql den id = 110 diye yapılan sorguda problem yok.
Senin php kodlarında muhtemelen eğer sorgu sonucunda mysql_num_rows < 1 ise $id yi bir arttır tekrar sorgula gibi bir kod vardır.
Yapman gereken id üzerinden yapılan sorgulamada eğer sorgu sonucu 1 satırda az satır dönerse 404 hatası ver ya da hata sayfasına gönder gibi bir kod eklemek.
Bir de id yi not null yap. Böylece id si olmayan bir kayıt eklenemez.

Eğer boş id olan yerleri silmek istiyorsan da WHERE id = '' ya da WHERE id = 'null' ggibi bir sorgu çalıştırabilirsin.