Güzel ve açıklayıcı olmuş. Ben de kendi tecrübelerimden yola çıkarak şunları söyleyebilirim:
CuteFtp kullanmayın demek tam doğru sayılmaz. Ben kullanıyorum ve şükrolsun şu ana kadar iframe bulaşmadı bana. Bu konudaki tek güvencem ise Trend Micro Internet Security. Bence siz de yükleyin deneyin.
Internet Explorer üzerinden ftp girişi yapmayın bence. Ya da windows gezgini üstünden girmeyin. Bunun yerine Antivirüs+Güzel bir ftp programı kullanın. Bir kere virüs size bulaştıysa mutlaka temizlik yapın ve temiz olduğundan emin olmadığınız bilgisayarlar üstünden ftp bağlanmayın derim.