iyi de eski index.php yi yenisiyle değiştirince çalıştığına göre eskisi bi şekilde bozuluyor.
belki server da bunu bozan etken vardır ama hiç duymadım böyle bi'şey..
site bozulduğu zaman o indexi download edip yedekteki indexle karşılaştırmayı deneyin bi, farklılık görürseniz kesin biri müdahale ediyordur...